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NGS測序技術服務 DRIP-seq |
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基因芯片技術服務 Small RNA修飾芯片 m6A單堿基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表觀轉錄組芯片 circRNA表觀轉錄組芯片 |
NGS測序技術服務 RNA m6A甲基化測序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA堿基修飾檢測 tRNA堿基修飾檢測 |
PCR技術服務 MeRIP-PCR技術服務 m6A絕對定量RT-PCR技術服務 m6A單堿基位點PCR（MazF酶切法）技術服務 |
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基因芯片技術服務 DNA甲基化芯片 DNA羥甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS測序技術服務 DNA甲?；奏?5fc)修飾測序 DNA 5hmC 測序（化學法） DNA甲基化測序 DNA羥甲基化測序 染色質免疫共沉淀測序 |
PCR技術服務 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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蛋白相對定量 TMT標記定量技術 非標定量技術 |
蛋白修飾 TMT標記定量磷酸化 非標定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
超級增強子lncRNA（SE-lncRNA）是一類由超級增強子區域轉錄而來的lncRNA。該lncRNA與超級增強子一起，調控特定細胞譜系發育和身份決定過程中的基因表達。SE-lncRNA與多種疾病有關，許多病理性表型都伴隨著SE-lncRNA表達水平的顯著變化[1-3]。SE-lncRNA表達水平檢測對于研究超級增強子活性、功能機制和疾病相關性都十分必需。Arraystar SE-lncRNA芯片可同時對SE-lncRNA以及受其調控的編碼基因進行全面、系統的表達檢測。Arraystar SE-lncRNA芯片目前包含人和小鼠兩個版本。
Aksomics（原康成生物）是Arraystar中國區唯一代理商，獨家為您提供Arraystar公司超級增強子lncRNA芯片全程一站式技術服務。您只需要提供保存完好的組織或細胞標本，Aksomics的芯片技術服務人員就可為您完成全部實驗操作，并提供完整的實驗報告。同時，根據您的研究需要，Aksomics還提供各種深入數據挖掘服務。
| 服務 | 芯片 | 規格 | 描述 |
|---|---|---|---|
| Human SE-lncRNA 芯片服務 | Arraystar Human SE-lncRNA Microarray | 8 * 15K | SE-lncRNAs (7753）+ mRNAs (7040) |
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Mouse SE-lncRNA芯片服務
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Arraystar Mouse SE-lncRNA Microarray | 8 * 15K | SE-lncRNAs (8222) + mRNAs (6385) |
參考文獻
1. Bradner JE, Hnisz D, Young RA: Transcriptional Addiction in Cancer. Cell 2017, 168(4):629-643.[PMID: 28187285]
2. Alvarez-Dominguez JR, Knoll M, Gromatzky AA, Lodish HF: The Super-Enhancer-Derived alncRNA-EC7/Bloodlinc Potentiates Red Blood Cell Development in trans. Cell Rep 2017, 19(12):2503-2514.[PMID: 28636939]
3. Xiang JF et al: Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Res 2014, 24(5):513-531.[PMID: 24662484]
4. Vucicevic D et al: Long ncRNA expression associates with tissue-specific enhancers. Cell Cycle 2015, 14(2):253-260.[PMID: 25607649]
5. Hon CC et al: An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends. Nature 2017, 543(7644):199-204.[PMID: 28241135]
6. Soibam B: Super-lncRNAs: identification of lncRNAs that target super-enhancers via RNA:DNA:DNA triplex formation. RNA 2017, 23(11):1729-1742.[PMID: 28839111]
強大而可靠的SE-lncRNA收集與鑒定方法
● lncRNA信息來自Arraystar公司所專有的高質量的轉錄組與lncRNA數據庫
- 收集整理了Refseq, UCSC knownGene, GENCODE, lncRNAdb, RNAdb, NRED和lncRNA Catalogs等權威數據庫中的lncRNA
- 收集了注釋完善、經過實驗驗證和有Pubmed索引的“金標準”lncRNA
- 手動收集了權威期刊上新出現的lncRNA
● 超級增強子區域信息來自dbSUPER數據庫
● Mapping到超級增強子區域的lncRNA被鑒定為SE-lncRNA
圖1.Arraystar SE-lncRNA芯片內容收集流程圖
一塊芯片同時檢測SE-lncRNA及其靶基因的表達水平，可直觀、精確的找到二者之間的調控關系
針對特定的外顯子或剪接區域設計探針，特異性的區分SE-lncRNA的不同isoform（圖2）
靈敏度高，可檢測到細胞中的單拷貝轉錄本
圖2.探針#2可特異性的檢測isoform CCAT1-L
提供超級增強子、超級增強子lncRNA與其靶基因的詳盡注釋信息
圖3.SE-lncRNA注釋信息示例
人SE-lncRNA芯片參數
| 探針總數 | 14873 |
|---|---|
| 探針長度 | 60 nt |
| 探針挑選策略 | 挑選針對SE-lncRNA特異外顯子或剪接位點的探針 |
| 探針特異性 | 轉錄本特異性 |
| 標記方法 | 使用高效的線性擴增方法來產生熒光標記的cRNA，靈敏檢測低拷貝轉錄本 |
| SE-lncRNAs & Super-lncRNAs檢測數目 | 7753 |
| SE-lncRNAs靶基因檢測數目 | 7040 |
| SE-lncRNAs來源 | - 從Arraystar專有的轉錄組數據庫挑選“金標準”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后與dbSUPER數據庫中的超級增強子區域進行匹配。與超級增強子區域重疊的lncRNA被鑒定為SE-lncRNA。 - 從文獻[4, 5]收集增強子lncRNA，若該增強子位于超級增強子區，則被認為是SE-lncRNA。 |
| Super-lncRNAs 來源 | Super-lncRNA是指與超級增強子區域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA，可招募調控因子至超級增強子區，從而影響染色體結構，并作為空間放大器，促進超級增強子相關的組織特異性基因表達。主要收集于文獻[6]。 |
| SE-lncRNA靶基因來源 | 與SE-lncRNA基因組位置重疊或在其轉錄起始位點50 Kb以內的Refseq基因被收集為SE-lncRNA靶基因。這些基因還包含了來自TF checkpoint數據庫中的3153個轉錄因子基因與來自Bushman Lab數據庫中的1448個癌癥相關基因。 |
| 芯片規格 | 8 * 15K |
圖4.Arraystar公司人SE-lncRNA芯片內容。
小鼠SE-lncRNA芯片參數
| 探針總數 | 14637 |
|---|---|
| 探針長度 | 60 nt |
| 探針挑選策略 | 挑選針對SE-lncRNA特異外顯子或剪接位點的探針 |
| 探針特異性 | 轉錄本特異性 |
| 標記方法 | 使用高效的線性擴增方法來產生熒光標記的cRNA，靈敏檢測低拷貝轉錄本 |
| SE-lncRNAs檢測數目 | 8222 |
| SE-lncRNAs靶基因檢測數目 | 6385 |
| SE-lncRNAs來源 | 從Arraystar專有的轉錄組數據庫挑選“金標準”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后與dbSUPER數據庫中的超級增強子區域進行匹配。與超級增強子區域重疊的lncRNA被鑒定為SE-lncRNA。 |
| SE-lncRNA靶基因來源 | 與SE-lncRNA基因組位置重疊或在其轉錄起始位點50 Kb以內的Refseq基因被收集為SE-lncRNA靶基因。這些基因還包含了來自TF checkpoint數據庫中的2883個轉錄因子基因與來自SBCDDB數據庫中的593個癌癥相關基因。 |
| 芯片規格 | 8 * 15K |
圖5.Arraystar公司小鼠SE-lncRNA芯片內容。
1.樣品總RNA抽提
若實驗對象為組織樣品，取適量（50-100mg）新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，加1ml的RNA抽提試劑Trizol（Invitrogen），勻漿后抽提RNA。
若實驗對象為細胞樣品，每份樣品取1×106~1×107細胞，完全吸去培養液后加1ml的RNA抽提試劑Trizol（Invitrogen），裂解后抽提RNA。
2. RNA質量檢測
使用Nanodrop測定RNA在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值，以計算濃度并評估純度。
使用甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度及完整性
3. cDNA樣品合成和cRNA標記
4.標記效率質量檢測
使用Nanodrop檢測熒光標記效率，以保證后續芯片實驗結果的可靠性。
5.芯片雜交
在標準條件下將標記好的探針和高密度芯片進行雜交。
6.圖像采集和數據分析
使用GenePix 4000B芯片掃描儀掃描芯片的熒光強度，并將實驗結果轉換成數字型數據保存，使用配套軟件對原始數據進行分析運算。
7.提供實驗報告
芯片掃描圖
實驗方法中英文報告
RNA質檢報告
芯片數據結果報告，包括差異表達SE-LncRNA列表，差異表達基因列表
