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NGS測序技術服務 DRIP-seq |
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基因芯片技術服務 Small RNA修飾芯片 m6A單堿基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表觀轉錄組芯片 circRNA表觀轉錄組芯片 |
NGS測序技術服務 RNA m6A甲基化測序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA堿基修飾檢測 tRNA堿基修飾檢測 |
PCR技術服務 MeRIP-PCR技術服務 m6A絕對定量RT-PCR技術服務 m6A單堿基位點PCR（MazF酶切法）技術服務 |
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基因芯片技術服務 DNA甲基化芯片 DNA羥甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS測序技術服務 DNA甲?；奏?5fc)修飾測序 DNA 5hmC 測序（化學法） DNA甲基化測序 DNA羥甲基化測序 染色質免疫共沉淀測序 |
PCR技術服務 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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蛋白相對定量 TMT標記定量技術 非標定量技術 |
蛋白修飾 TMT標記定量磷酸化 非標定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
piRNA（Piwi-interacting RNA）是從哺乳動物生殖細胞中分離得到的一類非編碼小RNA。成熟的piRNA是一類長約26-32nt的單鏈小RNA分子。在小鼠睪丸內只存在幾百種不同的miRNA，而piRNA卻至少有5萬種。piRNA即使在近緣物種之間保守性也很差，在長度、表達類型和基因結構上則與microRNA截然不同。
Arraystar piRNA芯片
Arraystar的科學家已經研制了針對人、小鼠和大鼠的piRNA芯片，可以對piRNA的總體表達情況進行檢測。三個物種的piRNA序列都來自NCBI數據庫，并且使用UCSC Blat技術在HG19, MM9和RN4數據庫中分別進行染色體定位（map）。我們采用恰當的策略來挑選探針，然后使用雙重方法（duplex method）設計60 mer的反義寡核苷酸探針。使用我們專有的piRNA芯片（表1），我們將提供從樣品準備到全面數據分析的綜合服務。
| 芯片名稱 | 物種 | 數據庫 | 規格 | 檢測piRNA數 |
|---|---|---|---|---|
| Arraystar Human piRNA Array | Human | HG19 | 4x44K | 23,677 |
| Arraystar Mouse piRNA Array | Mouse | MM9 | 4x44K | 43,537 |
| Arraystar Rat piRNA Array | Rat | RN4 | 4×44K | 39,727 |
1.樣品RNA抽提
a.實驗對象為組織樣品，取適量（50-100mg）新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，使用BioPulverizerTM冰凍粉碎組織，加1ml的RNA抽提試劑TRIzol（Invitrogen），使用Mini-Bead-Beater-16勻漿后抽提RNA。
b.實驗對象為細胞樣品，每份樣品取1×106~1×107細胞，加1ml RNA抽提試劑TRIzol（樣品為貼壁細胞，每10cm2培養皿TRIzol使用量為1ml），裂解后抽提RNA。
2. RNA質量檢測
a.使用Nanodrop測定RNA在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值，以計算濃度并評估純度。
b.用甲醛電泳試劑進行變性瓊脂糖凝膠電泳，檢測RNA純度及完整性。
c.提供RNA QC報告。
注意：用于芯片檢測的RNA樣品，必須是高質量的，完整的，沒有RNase污染（降解的樣品不能用于標記和芯片檢測），沒有基因組污染。
3.制備熒光標記探針
使用Arraystar標記試劑盒熒光標記piRNA
4.芯片雜交
在標準條件下使用雜交儀將標記好的探針和Arraystar piRNA芯片雜交。
5.圖像采集和數據分析
使用GenePix 4000B芯片掃描儀掃描芯片的熒光強度，并將實驗結果轉換成數字型數據保存，使用配套軟件對原始數據進行分析運算。
6.提供實驗報告——包括詳細的實驗方法和芯片實驗數據及圖表
a.芯片掃描圖
b.操作說明（含RNA質檢報告）
c.芯片數據
數據匯總表格（EXCEL格式，包含探針位置，探針名稱，原始信號值，修正信號值，標準化信號 值，樣品間piRNA表達量的比值）
差異表達piRNA的數據表格（EXCEL格式，包含表達上調2倍的piRNA和表達下調2倍的piRNA）
d.進一步數據分析
Scatter Plot（主要針對單色重復實驗數據進行相關性R值計算）
分層聚類（進行多個樣品實驗時，按基因表達相似程度進行聚類，從而將多個樣品進行歸類）
若進行重復實驗（≥3）則計算CV值、p值，并做Volcano Plot
→ PIWIL3/OIP5-AS1/miR-367-3p/CEBPA feedback loop regulates the biological behavior of glioma cells. Theranostics. 2018
→ Roles of piRNAs in microcystin-leucine-arginine (MC-LR) induced reproductive toxicity in testis on male offspring. Food and Chemical Toxicology. 2017
