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NGS測序技術服務 DRIP-seq |
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基因芯片技術服務 Small RNA修飾芯片 m6A單堿基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表觀轉錄組芯片 circRNA表觀轉錄組芯片 |
NGS測序技術服務 RNA m6A甲基化測序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA堿基修飾檢測 tRNA堿基修飾檢測 |
PCR技術服務 MeRIP-PCR技術服務 m6A絕對定量RT-PCR技術服務 m6A單堿基位點PCR（MazF酶切法）技術服務 |
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基因芯片技術服務 DNA甲基化芯片 DNA羥甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS測序技術服務 DNA甲?；奏?5fc)修飾測序 DNA 5hmC 測序（化學法） DNA甲基化測序 DNA羥甲基化測序 染色質免疫共沉淀測序 |
PCR技術服務 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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蛋白相對定量 TMT標記定量技術 非標定量技術 |
蛋白修飾 TMT標記定量磷酸化 非標定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
環狀RNA（circRNA）是一類由特殊剪接機制形成的、具有閉合環狀結構、大量存在于真核轉錄組中的非編碼RNA，也是目前生命科學和醫學領域的研究熱點分子。circRNA分子的組織特異性、疾病特異性、時序特異性及高穩定性等特征，使得circRNA作為臨床疾病的biomarker具有明顯的優勢。近來研究顯示，環狀RNA在不同物種中起到miRNA海綿的作用，稱之為競爭性內源RNA（ceRNA），即能競爭性結合miRNA。而與疾病關聯性miRNA的相互作用說明環狀RNA對疾病的調控起著非常重要的作用。此外，一些內含子類型的環狀RNA（ciRNA）會促進宿主基因的轉錄。
為了能夠更好地研究circRNA，美國Arraystar公司在首款circRNA芯片基礎上迅即升級版本為V2.0。其circRNA來源融合了環狀RNA研究的高水平文獻，所有cicrRNA都經過了嚴謹的實驗驗證，以便于對不同生理及病理條件下的circRNA進行系統的研究。同時我們對所有差異表達的circRNA用高匹配值的miRNA靶標位點進行了標注，這將有利于對circRNA作為天然miRNA海綿功能的進行研究。研究者使用該款芯片發表的超過350篇高水平SCI文章，點擊此處了解。
芯片特點：
? 實用的高靈敏度和特異性的circRNA表達譜檢測平臺。
? 針對環狀反向結合位點的特異性探針、線性RNA去除和高效的circRNA標記，確保circRNA 表達譜檢測的高特異性、高準確度和高可信度。
? 針對circRNA生物學功能的詳細注釋信息，例如，miRNA結合位點，miRSVR 得分以及保守性，方便研究circRNA作為miRNA sponge的功能。
? 基于circRNA特殊的分子特征，芯片是優于測序的高通量檢測選擇。了解更多>>
Aksomics（原康成生物）是Arraystar公司中國地區唯一代理商，為您提供一站式circRNA芯片技術服務，您只需要提供保存完好的組織或細胞標本，Aksomics的技術服務人員就可為您完成全部實驗操作，并提供完整的實驗報告。
Arraystar公司circRNA芯片產品列表
| 服務 | 芯片 | 規格 | 描述 |
|---|---|---|---|
| Human circular RNA Microarray Service | Human circular RNA Array V2.0 | 8x15K | 13,617 human circular RNAs |
| Mouse circular RNA Microarray Service | Mouse circular RNA Array V2.0 | 8×15K | 14,236 Mouse circular RNAs |
| Rat circular RNA Microarray Service | Rat circular RNA Array V2.0 | 8×15K | 14,145 Rat circular RNAs |
可以很好區分對應的線性分子，確保circRNA分子檢測的可靠性和準確度（圖1）。
圖1. Arraystar circRNA芯片 V2.0使用針對circRNA反向剪接位點設計探針進行檢測，可以準確識別并定量單個circRNA的表達，并很好區分其對應的線性轉錄本。上圖中的線性RNA可以通過可變剪切，其中一部分外顯子環化形成上圖中circRNA，檢測circRNA的特異性探針靶向結合外顯子B的3’端和外顯子A的5’端連接的環化位點。
? 詳細的circRNA-miRNA 注釋信息
Arraystar circRNA芯片結果注釋里提供circRNA分子上潛在的miRNA結合位點有助于探索其miRNA sponge的功能（圖2）。
圖2.circRNA與保守的miRNA結合位點信息的詳細注釋
? circRNA芯片更適合于circRNA的檢測：鑒于circRNA分子的特性，circRNA芯片是比RNA測序更合適的方式 獲取更多 >
1)比對到circRNA反向剪接位點附近序列僅占了circRNA數據量很少一部分的,遠少于同等豐度的線性轉錄本。
2）對circRNA 定性僅需要很少的counts，但表達值的準確定量需要數百個counts以上。
3）結合大量測序數據和研究，大部分已知的circRNA僅檢測到很少的counts，不能有效進行差異表達的分析（圖3）。
簡而言之，CircRNA測序適用于發現新的circRNA分子，但對于大部分的circRNA，測序無法準確分析其表達差異。
圖3.定量可靠的轉錄本比例與測序深度關系圖。 RNA測序中一般產生低于30M 的mRNA reads(藍色的點)，小于0.5M 的circRNA junction reads（紅色的點）。能夠準確定量的circRNA 少于5%。(Adopted from Labaj et al, (2011) Bioinformatics [PMID 21685096]. )
? 優質的檢測結果
靈敏度更高：芯片檢測范圍跨越5個數量級，可以準確定量低豐度的circRNA（圖4）。
圖4：Arraystar circRNA芯片 可以準確檢測5個數量級范圍內的動態表達。
高重復性：Arraystar circRNA芯片的技術重復數據顯示了高相關性(R2>0.9) （圖5）
圖5. Arraystar circRNA芯片的高重復性
Human Database
| 探針總數 | 13,617 |
| 探針長度 | 60 nt |
| 探針設計 | 靶向circRNA特異性反向剪接位點 |
| 探針特異性 | 轉錄本特異性 |
| 標記方法 | 隨機引物+樣本RNase R前處理確保circRNA被特異性且高效的標記Random primer labeling coupled with RNase R sample pretreatment to ensure specific and efficient labeling of circular RNAs. |
| Circular RNA 來源 | |
| Salzman's circRNAs [4] | 8,529 |
| Memczak's circRNAs [3] | 1,601 |
| Zhang's circRNAs [6] | 93 |
| Zhang's circRNAs [5] | 4,980 |
| Jeck's circRNAs [2] | 3,769 |
| Guo's circRNAs [1] | 5,536 |
| 芯片規格 | 8 * 15K |
Mouse Database
| 探針總數 | 14,236 |
| 探針長度 | 60 nt |
| 探針設計 | 靶向circRNA特異性反向剪接位點 |
| 探針特異性 | 轉錄本特異性 |
| 標記方法 | 隨機引物+樣本RNase R前處理確保circRNA被特異性且高效的標記Random primer labeling coupled with RNase R sample pretreatment to ensure specific and efficient labeling of circular RNAs. |
| CircRNA 來源 | |
| Memczak's circRNAs | 1,750 |
| Guo's circRNAs | 570 |
| You's circRNAs | 13,300 |
| 芯片規格 | 8 * 15K |
Rat Database
| 探針總數 | 14,145 |
| 探針長度 | 60 nt |
| 探針設計 | 靶向circRNA特異性反向剪接位點 |
| 探針特異性 | 轉錄本特異性 |
| 標記方法 | 隨機引物+樣本RNase R前處理確保circRNA被特異性且高效的標記Random primer labeling coupled with RNase R sample pretreatment to ensure specific and efficient labeling of circular RNAs. |
| CircRNA來源 | |
| You Xintian's circRNAs [7] | 12,298 |
| Mouse circRNA orthologs | 1,668 |
| Human circRNA orthologs | 179 |
| 芯片規格 | 8 * 15K |
1. Guo, J. U., V. Agarwal, et al. (2014). "Expanded identification and characterization of mammalian circular RNAs." Genome Biol 15(7): 409.
2. Jeck, W. R., J. A. Sorrentino, et al. (2013). "Circular RNAs are abundant, conserved, and associated with ALU repeats." RNA 19(2): 141-157.
3. Memczak, S., M. Jens, et al. (2013). "Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency." Nature 495(7441): 333-338.
4. Salzman, J., R. E. Chen, et al. (2013). "Cell-type specific features of circular RNA expression." PLoS Genet 9(9): e1003777.
5. Zhang, X. O., H. B. Wang, et al. (2014). "Complementary sequence-mediated exon circularization." Cell 159(1): 134-147.
6. Zhang, Y., X. O. Zhang, et al. (2013). "Circular intronic long noncoding RNAs." Mol Cell 51(6): 792-806.7. You X., I. Vlatkovic, et al. (2015). "Neural circular RNAs are derived from synaptic genes and regulated by development and plasticity." Nat Neurosci 18(4): 603-610. .
? 樣品總RNA抽提
? RNA質量檢測：使用Nanodrop測定總RNA在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值，以計算濃度并評估純度；使用甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA完整性
? RNase R 處理
? cDNA 合成
? 標記
? 芯片雜交及掃描
? 數據分析及報告整理
圖釋.：Arraystar circRNA芯片實驗流程，樣本RNase R前處理+隨機引物標記體系確保去除線性轉錄本而特異性且高效地標記circRNA
circRNA抑制由DNA感受器cGAS介導的長期造血干細胞耗竭 (A Circular RNA Protects Dormant Hematopoietic Stem Cells from DNA Sensor cGAS-Mediated Exhaustion. Immunity，2018) IF:22.845
長期造血干細胞（LT-HSCs）作為潛能最高的干細胞系，具有最高的更新和分化能力，可以為短期造血干細胞、多能干細胞等提供了持續性細胞補給。大多數時候，LT-HSCs處于休眠的靜息狀態，其干性的維持受轉錄因子及骨髓內環境等多種因素的影響，比如TNF、CXCL4和I型IFN等，然而LT-HSCs在靜息狀態與激活狀態之間的精細調控機制尚未完全解析。
作者所在的研究團隊主要從事腫瘤干細胞、免疫細胞發育分化及腫瘤靶標發現與腫瘤個體化治療等領域的研究，該研究中，作者應用Arraystar Mouse CircRNA Array研究了小鼠骨髓細胞（BM）中分離的LT-HSCs和多能干細胞（MPPs）的circRNAs表達譜。篩選出一個在LT-HSCs細胞核內高表達的circRNA cia-cGAS，通過一系列功能機制實驗發現LT-HSCs中cia-cGAS可以與DNA敏感的cGAMP合成酶cGAS相互結合并抑制了其酶活性，阻礙cGAS結合基因組DNA，從而不能激活I型干擾素（IFN）的表達，維持LT-HSCs的靜息狀態。該研究同時也發現cia-cGAS是cGAS介導的自身免疫相關的有效抑制劑，為有效防治自身免疫性疾病與血液系統惡性腫瘤提供了新思路和潛在藥物研發靶標。
? 提供詳盡的circRNA-miRNA相互作用注釋
Arraystar 環狀RNA芯片提供circRNA可能結合的miRNA，并注釋潛在的結合位點，這將有助于研究者進一步探索環狀RNA作為miRNA吸附海綿的功能作用。
圖1：circRNA及其可能結合的microRNA
? circRNA差異表達分析
差異表達circRNA是通過表達值變化倍數及統計學顯著性指標p值篩選得到，這部分circRNA將通過火山圖進行展示；circRNA表達模式則會通過聚類圖進行展示。
圖2. 差異表達circRNA、它們可能結合的microRNA及這些microRNA Response Elements (MREs)的詳細展示。
→ Extracellular Vesicle-Mediated Delivery of CircSCMH1 Promotes Functional Recovery in Rodent and Nonhuman Primate Ischemic Stroke Models . Circulation . 2020
→ A Noncoding Regulatory RNAs Network Driven by Circ‐CDYL Acts Specifically in the Early Stages Hepatocellular Carcinoma . Hepatology . 2020
→ N6-methyladenosine modification of circNSUN2 facilitates cytoplasmic export and stabilizes HMGA2 to promote colorectal liver metastasis . Nature Communications . 2020
→ CircPTK2 (hsa_circ_0005273) as a novel therapeutic target for metastatic colorectal cancer . Molecular Cancer . 2020
→ Circ-AKT3 inhibits clear cell renal cell carcinoma metastasis via altering miR-296-3p/E-cadherin signals . Molecular cancer . 2020
→ circGSK3β promotes metastasis in esophageal squamous cell carcinoma by augmenting β-catenin signaling . Molecular cancer . 2020
→ circKIF4A acts as a prognostic factor and mediator to regulate the progression of triple-negative breast cancer . Molecular Cancer . 2020
→ Circular RNA hsa_circ_0000326 acts as a miR-338-3p sponge to facilitate lung adenocarcinoma progression . Journal of Experimental & Clinical Cancer Research . 2020
→ A novel circular RNA circENTPD7 contributes to glioblastoma progression by targeting ROS1 . Cancer Cell International . 2020
→ Circular RNA Circ100084 functions as sponge of miR?23a?5p to regulate IGF2 expression in hepatocellular carcinoma . Molecular Medicine Reports . 2020
→ circPRRC2A promotes angiogenesis and metastasis through epithelial-mesenchymal transition and upregulates TRPM3 in renal cell carcinoma . Theranostics . 2020
→ A Noncoding Regulatory RNAs Network Driven by Circ‐CDYL Acts Specifically in the Early Stages Hepatocellular Carcinoma . Hepatology . 2019
→ N6-methyladenosine modification of circNSUN2 facilitates cytoplasmic export and stabilizes HMGA2 to promote colorectal liver metastasis . Nature Communications . 2019
→ Circ-AKT3 inhibits clear cell renal cell carcinoma metastasis via altering miR-296-3p/E-cadherin signals . Molecular cancer . 2019
→ circGSK3β promotes metastasis in esophageal squamous cell carcinoma by augmenting β-catenin signaling . Molecular cancer . 2019
→ The circRNA circPTPRA suppresses epithelial-mesenchymal transitioning and metastasis of NSCLC cells by sponging miR-96-5p . EBioMedicine . 2019
→ circKDM4C suppresses tumor progression and attenuates doxorubicin resistance by regulating miR-548p/PBLD axis in breast cancer . Oncogene . 2019
→ Hsa_circ_101555 functions as a competing endogenous RNA of miR-597-5p to promote colorectal cancer progression . Oncogene . 2019
→ Circular RNA circ-RanGAP1 regulates VEGFA expression by targeting miR-877-3p to facilitate gastric cancer invasion and metastasis . Cancer Letters . 2019
→ A Circular RNA Protects Dormant Hematopoietic Stem Cells from DNA Sensor cGAS-Mediated Exhaustion . Immunity . 2018
→ PRMT5 Circular RNA Promotes Metastasis of Urothelial Carcinoma of the Bladder through Sponging miR-30c to Induce Epithelial–Mesenchymal Transition . Clinical Cancer Research . 2018
