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單細胞測序技術服務 單細胞全轉錄組測序 |
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NGS測序技術服務 DRIP-seq |
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基因芯片技術服務 Small RNA修飾芯片 m6A單堿基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表觀轉錄組芯片 circRNA表觀轉錄組芯片 |
NGS測序技術服務 RNA m6A甲基化測序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA堿基修飾檢測 tRNA堿基修飾檢測 |
PCR技術服務 MeRIP-PCR技術服務 m6A絕對定量RT-PCR技術服務 m6A單堿基位點PCR（MazF酶切法）技術服務 |
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基因芯片技術服務 DNA甲基化芯片 DNA羥甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS測序技術服務 DNA甲?；奏?5fc)修飾測序 DNA 5hmC 測序（化學法） DNA甲基化測序 DNA羥甲基化測序 染色質免疫共沉淀測序 |
PCR技術服務 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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蛋白相對定量 TMT標記定量技術 非標定量技術 |
蛋白修飾 TMT標記定量磷酸化 非標定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
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背景介紹：
單細胞轉錄組測序（Single-cell RNA Sequencing, scRNA-seq）是指在單細胞水平上進行高通量RNA測序的一種新技術，可以解決混雜樣本測序（bulk RNA seq）所無法得到的細胞異質性信息。
臨床組織是各種細胞的混合物，以腫瘤為例，腫瘤中心細胞，邊緣細胞和遠端轉移細胞的細胞類型及轉錄組存在差異。傳統的bulk RNA-seq提取組織或一群細胞的混合RNA進行測序，得到所有細胞的平均基因表達，掩蓋了單個細胞的表達特異性，而scRNA-seq能夠有效解決細胞異質性問題，通過檢測單個細胞的表達譜，鑒定細胞類群，深入研究腫瘤轉移侵襲、瘤內異質性、微環境重編程和耐藥，近幾年來已廣泛應用于腫瘤，免疫，生長，發育等生物研究領域。
實驗平臺和原理
引入頗受行業內認可的BD RhapsodyTM單細胞分析系統，可快速平行分析成千上萬個單細胞內數千基因的表達水平。該系統利用微孔法進行單細胞的分離和標記，一張微孔板上有不少于20萬的特定大小微孔，每一個微孔可捕獲一個細胞并裝載一個磁珠，之后使用配套試劑盒進行細胞裂解、cDNA合成和文庫構建。
實驗流程圖
樣品類型：組織100-200mg，單細胞懸液細胞數目不少于1×105個；
質控要求：活細胞比例一般不低于65%；
1.細胞聚類及細胞類群鑒定
基于無監督算法，對所有細胞進行聚類分析，并通過不同細胞特異性marker基因進行細胞類型鑒定，使用t-SNE降維算法進行繪圖展示，圖中每個點代表一個細胞，相同顏色為一個細胞類群，從而將腫瘤細胞與其它細胞分開，分別進行差異基因表達分析。
2.特定細胞類群的差異表達火山圖
對各細胞類型篩選得到的差異表達基因進行火山圖展示，下圖為腫瘤細胞類群單獨進行差異表達分析的火山圖，從而可以針對腫瘤細胞的差異基因進行功能分析。
3.特定細胞類群的GSVA分析
對腫瘤細胞類群進行GSVA分析的差異通路條形圖。橫坐標為GSVA分數的t值，表示各通路基因集在不同分組的表達差異度?？v坐標為差異通路，可以選擇腫瘤細胞通路的差異基因，在腫瘤細胞系進行功能機制研究。
4.各細胞類型sub-cluster分析
基于前面所有細胞的分類結果，我們對每個細胞類群分別進行sub-cluster再分類，例如對腫瘤細胞的sub-cluster t-SNE及sub-GSVA分析，獲得特異性聚集到腫瘤高增殖和侵襲通路的亞群，可以指導用藥。
