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NGS測序技術服務 DRIP-seq |
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NGS測序技術服務 RNA m6A甲基化測序（MeRIP Seq） |
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基因芯片技術服務 DNA甲基化芯片 DNA羥甲基化芯片 ChIP-chip |
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DNA甲基化芯片 DNA羥甲基化芯片 DNA甲基化測序 染色質免疫共沉淀測序 hMeDIP-qPCR tRNA堿基修飾檢測相關產品
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DNA羥甲基化是一種重要的表觀遺傳修飾，對基因的表達起調控作用，在神經分化和癌癥中發揮重要的作用。為深入了解5hmC的作用，我們就必須清楚5hmC在基因組的分布情況。然而，傳統的基于重亞硫酸鹽的方法無法區分5-hmC和5-mc。5-hmC單克隆抗體捕獲法是研究DNA羥基化修飾的利器，結合高通量測序技術以及生物信息分析，可以獲得全基因組羥甲基化分布圖，從而能幫助我們從一個新的角度來解析胚胎發育，神經細胞分化以及癌癥發生的分子機制。
Aksomics（原康成生物）為您提供羥甲基化測序技術服務，您只需要提供保存完好的組織或細胞標本，Aksomics的技術服務人員就可為您完成全部實驗操作，包括超聲打斷基因組、羥甲基化DNA免疫共沉淀、hMeDIP與 Input DNA文庫構建、高通量測序和數據分析、并提供完整的實驗報告。
1. 羥甲基化峰識別：通過MACS軟件，可以利用與基因組匹配的read來識別羥甲基化峰，常用的MACS2篩選參數：q-Value≤10-4。
1. * mRNA相關的羥甲基化峰識別
* lncRNA相關的羥甲基化峰識別
* Small_ncRNA相關的羥甲基化峰識別
上表： 全基因組羥甲基化譜數據列表
1. 識別差異羥甲基化基因
通過diffReps軟件，Aksomics對不同樣品或樣品組間的基因啟動子區域的差異羥甲基化進行了分析，常用的diffReps篩選參數是：log2FC≥1, p-value≤10-4 。為了對羥甲基化水平進行定量分析，處理組和對照組的樣品分別通過相應的input樣品進行標準化。根據處理組樣品羥甲基化水平相對對照組的上下調情況，這些在啟動子區域差異羥甲基化的基因被分成了“高羥甲基化（hyper-hydroxymethylation）”和“去羥甲基化（hypo-hydroxymethylation）"基因。
* mRNA相關的啟動子區域差異羥甲基化基因列表
* lncRNA相關的啟動子區域差異羥甲基化基因列表
* Small_ncRNA相關的啟動子區域差異羥甲基化基因列表
上表： 全基因組差異羥甲基化數據列表
2. Enhancer & Super-enhancer相關的基因間差異羥甲基化列表
*Enhancer 相關的基因間差異羥甲基化基因列表
*Super-Enhancer 相關的基因間差異羥甲基化基因列表
上表：增強子和超級增強子相關的基因間差異羥甲基化列表
上圖：黑色素瘤細胞中關鍵基因發生羥甲基化水平變化。A：UCSC可視化結果展示。黑色素瘤和痣組織相比整體羥甲基化水平減低，羥甲基化水平不變。B：對黑色素瘤和痣組織中檢測到的DNA羥甲基化位點和羥甲基化位點進行分類統計。黑色素瘤與痣組織相比，在啟動子，外顯子，內含子，基因間等區域羥甲基化水平下降，羥甲基化水平基本不變。 C: 基因內部（Gene body）及周邊(向兩端各延伸20%)區段內的羥甲基化和羥甲基化reads（讀段）密度分布?？梢钥吹皆诤谏亓鲋?，Gene body 內羥甲基化水平降低。E: 韋恩圖顯示癌組織中在Gene body區域羥甲基化水平降低同時羥甲基化水平升高的基因有2，144個。對這些基因進行pathway分析，發現變化的基因主要聚集在癌癥相關的信號通路中。F： UCSC可視化結果展示，在RAC3, IGF1R, TIMP2中羥甲基化水平降低，羥甲基化水平升高。 G：hMeDIP-PCR對RAC3，IGF1R，TIMP2進行驗證，證明在黑色素瘤中這些基因的羥甲基化水平降低，驗證了測序的結果。
上圖：過表達TET2后部分關鍵基因的羥甲基化水平得到恢復。構建TET2過表達的黑素素瘤細胞系，同時構建TET突變的細胞系作為對照。通過hMeDIP-seq檢測，發現過表達TET2的細胞vs對照細胞 80%(12，752/15835)的羥甲基化升高的位點與黑色素瘤組織vs痣組織羥甲基化水平降低的位點重疊。將重疊的位點按照與基因的相對位置分成啟動子和Gene body兩個部分，分別進行GO和pathway分析。啟動子重疊的基因聚集在信號傳導，TGF-beta等重要的功能分類中；Gene body重疊的基因集中在MAPK， 細胞黏附等重要的通路中。
