NGS測序技術服務 DRIP-seq |
基因芯片技術服務 Small RNA修飾芯片 m6A單堿基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表觀轉錄組芯片 circRNA表觀轉錄組芯片 |
NGS測序技術服務 RNA m6A甲基化測序(MeRIP Seq) |
LC-MS mRNA堿基修飾檢測 tRNA堿基修飾檢測 |
PCR技術服務 MeRIP-PCR技術服務 m6A絕對定量RT-PCR技術服務 m6A單堿基位點PCR(MazF酶切法)技術服務 |
基因芯片技術服務 DNA甲基化芯片 DNA羥甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS測序技術服務 DNA甲?;奏?5fc)修飾測序 DNA 5hmC 測序(化學法) DNA甲基化測序 DNA羥甲基化測序 染色質免疫共沉淀測序 |
PCR技術服務 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
蛋白相對定量 TMT標記定量技術 非標定量技術 |
蛋白修飾 TMT標記定量磷酸化 非標定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
染色質免疫共沉淀技術(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具,利用該技術不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動態作用,還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾以及轉錄因子與基因表達的關系。
結合高通量的新一代測序技術(Illumina Hiseq),通過對染色質免疫共沉淀(ChIP)富集得到的DNA片斷進行大規模測序,研究人員可獲得數百萬條序列標簽,并能把所關注的蛋白的DNA結合位點精確定位到基因組上,從而獲得全基因組范圍內組蛋白各種修飾狀態、轉錄因子結合位點的高分辨率分布圖。染色質免疫共沉淀測序(ChIP-Seq)是繼ChIP-chip之后,蛋白/核酸相互作用研究領域的又一技術突破。高質量、高通量、低成本的數據產出,為表觀遺傳組學研究提供了一套全新高效的技術工具。
染色質免疫共沉淀測序應用領域:
組蛋白修飾,轉錄因子,RNA polymerase II,轉錄因子等。
上圖:染色質免疫共沉淀技術已應用于檢測組蛋白各種共價修飾、CTCF、RNA polymerase II以及各種轉錄因子等DNA結合蛋白在基因組上的精確定位,為表觀遺傳組學與基因轉錄調控機制研究提供了又一有力工具。(摘自Park P.J, 2009,Nature Reviews Genetics)
● 一站式服務:客戶只需提供樣品,Aksomics的技術服務人員就可為您完成全部實驗操作,包括染色質免疫共沉淀、IP與 Input DNA文庫構建、高通量測序和數據分析、并提供完整的實驗報告。
1. 染色質免疫共沉淀(ChIP)
*富集區注釋(peak annotation)
* 富集區相關基因的GO和Pathway
ChIP-seq 基本數據分析展示
1. Reads統計
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Sample A
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測序類型(單端/雙端)
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單端
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reads長度
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100bp
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物種
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Homo sapiens
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基因組版本
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HG19
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Clean Reads(經過Illumina CHASTITY過濾)
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31,345,987
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比對到基因組唯一位置的Reads
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26,121,682
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*圖釋:富集區域識別結果。
*圖釋:五種類型峰位置
*圖釋:ChIP-Seq富集峰注釋
小兒神經膠質瘤的組蛋白修飾和基因表達調控(Chan, Fang et al. 2013)
→ Histone demethylase KDM6A promotes somatic cell reprogramming by epigenetically regulating the PTEN and IL‐6 signal pathways . STEM CELLS . 2020
→ Multi-generational obesogenic effects of sulfomethoxazole on Caenorhabditis elegans through epigenetic regulation . Journal of Hazardous Materials . 2019
→ MyoD1 suppresses cell migration and invasion by inhibiting FUT4 transcription in human gastric cancer cells . Cancer gene therapy . 2019
→ GATA3-dependent epigenetic upregulation of CCL21 is involved in the development of neuropathic pain induced by bortezomib. . Molecular Pain . 2019
→ Targeting TRPV1 on cellular plasticity regulated by Ovol 2 and Zeb 1 in hepatocellular carcinoma . Biomedicine & Pharmacotherapy . 2019
→ Targeting TRPV1 on cellular plasticity regulated by Ovol 2 and Zeb 1 in hepatocellular carcinoma . Biomedicine & Pharmacotherapy . 2019