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NGS測序技術服務 DRIP-seq |
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基因芯片技術服務 Small RNA修飾芯片 m6A單堿基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表觀轉錄組芯片 circRNA表觀轉錄組芯片 |
NGS測序技術服務 RNA m6A甲基化測序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA堿基修飾檢測 tRNA堿基修飾檢測 |
PCR技術服務 MeRIP-PCR技術服務 m6A絕對定量RT-PCR技術服務 m6A單堿基位點PCR（MazF酶切法）技術服務 |
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基因芯片技術服務 DNA甲基化芯片 DNA羥甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS測序技術服務 DNA甲?；奏?5fc)修飾測序 DNA 5hmC 測序（化學法） DNA甲基化測序 DNA羥甲基化測序 染色質免疫共沉淀測序 |
PCR技術服務 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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蛋白相對定量 TMT標記定量技術 非標定量技術 |
蛋白修飾 TMT標記定量磷酸化 非標定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
Arraystar circRNA表觀轉錄組芯片，可定量檢測circRNA中m6A或m5C的表觀轉錄修飾水平。
芯片優勢
與MeRIP-seq相比，Arraystar表觀轉錄組芯片有其獨特的優勢：
? 同時檢測修飾位置以及修飾比例
? 反向剪接位點特異性探針與RnaseR預處理雙重保障，提高circRNA修飾檢測特異性
? 適用于circRNA研究，甚至用MeRIP-seq方法很難檢測的circRNA也可用芯片檢測
? 樣本需求量少，總RNA量低至3ug
? 適用于多種樣本，比如血清/血漿/全血樣本
Arraystar circRNA表觀轉錄組芯片產品列表
| 芯片 | 表觀修飾 | 規格 | 描述 |
|---|---|---|---|
| Human circRNA 表觀轉錄組芯片 | m6A/m5C | 8×15K | 13,617 circRNAs |
| Mouse circRNA 表觀轉錄組芯片 | m6A/m5C | 8×15K | 14,236 circRNAs |
| Rat circRNA 表觀轉錄組芯片 | m6A/m5C | 8×15k | 14,145 circRNAs |
RNA轉錄后修飾，比如m6A, m1A, m5C, 和假尿嘧啶（Ψ）修飾，共同組成了表觀轉錄組，是一種新層次的基因表達調控方式。m6A是mRNA和lncRNA上含量最豐富的修飾之一，在轉錄后各個水平影響mRNA/lncRNA 的代謝和功能。此外，m6A還參與了其它ncRNA的功能，包括circRNA非帽依賴的翻譯起始，和pri-miRNA的加工過程。
RNA修飾的潛在功能不僅取決于其所修飾的是何種基因轉錄本，同時也取決于被修飾部分在該轉錄本中所占的百分比。然而，目前大部分轉錄組水平的的RNA修飾檢測方法著重于尋找轉錄本上的修飾位點，不能夠定量地檢測被修飾轉錄本的百分比。這一類定量信息的缺乏已引起越來越多科研工作者的關注。
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科學家最關注的問題 “mRNA修飾的潛在影響既取決于其分子效應，也取決于被修飾轉錄本的百分比。例如，一種可以加速mRNA降解的修飾，如果只有1%的轉錄本被修飾，顯然不太可能產生任何生物功能，然而當一種修飾可以促使mRNA翻譯成新的蛋白亞型時，即使修飾水平很低，也可能產生重要的生物功能。當前的m6A和Ψ檢測方法局限性在于缺乏修飾程度的定量信息。m6A的調控作用可以通過pulldown m6A的方法，檢測特定序列在不同狀態下的相對富集程度進行推斷，但不能從這些數據中獲得被修飾mRNA的絕對量。新的可定量m6A和Ψ的高通量檢測方法，將極大的促進該領域的發展。 [1] Wendy V. Gilbert, Tristan A. Bell, Cassandra Schaening. Science (2016)
另一個重要的問題是闡明RNA修飾的化學計量的動態變化。目前，表觀轉錄組學研究的重點大多是哪些位點被修飾，而不是RNA中每個被修飾位點的占比。低通量分析mRNA和病毒RNA的m6A修飾位點顯示，任何m6A修飾位點的占比都不會達到100%。修飾的化學計量變化可能是一種RNA生物學修飾的動態變化參數。修飾可以影響mRNA的結構，和（或）對RBPs的招募。任何特殊位點的修飾，會導致同一mRNA群體僅僅由于結構或是結合reader的不同，分為兩個mRNA亞群。因此，改變修飾的化學計量數，可能是同一個RNA轉錄本行使不同功能的一種機制。目前急需可以檢測修飾化學計量數的高通量方法，以闡明表觀轉錄組學在這一方面的問題。 [4] Cole J.T. Lewis, Tao Pan, Auinash Kalsotra. Nat Rev Mol Cell Biol (2017) |
Arraystar circRNA表觀觀轉錄組芯片結合了雙熒光通道芯片技術與RNA修飾免疫共沉淀技術，在轉錄本水平對RNA修飾進行定量檢測。定量的表觀轉錄組圖譜可為RNA修飾調控研究提供重要信息。
參考文獻
1. Gilbert WV, Bell TA, Schaening C: Messenger RNA modifications: Form, distribution, and function. Science 2016, 352(6292):1408-1412.[PMID: 27313037]
2. Yang Y et al: Extensive translation of circular RNAs driven by N(6)-methyladenosine. Cell Res 2017, 27(5):626-641.[PMID: 28281539]
3. Alarcon CR et al: HNRNPA2B1 Is a Mediator of m(6)A-Dependent Nuclear RNA Processing Events. Cell 2015, 162(6):1299-1308.[PMID: 26321680]
4. Lewis CJ, Pan T, Kalsotra A: RNA modifications and structures cooperate to guide RNA-protein interactions. Nat Rev Mol Cell Biol 2017, 18(3):202-210.[PMID: 28144031]
5. Qin Y et al: TRIM9 short isoform preferentially promotes DNA and RNA virus-induced production of type I interferon by recruiting GSK3beta to TBK1. Cell Res 2016, 26(5):613-628.[PMID: 26915459]
circRNA表觀轉錄組研究的理想工具
?適用于環狀RNA，芯片收集了高可信度的環狀RNA（在≥2個實驗組和≥4個樣本中有表達）
?對MeRIP-seq很難檢測的circRNA，也具有高靈敏度和準確度
circRNA本身表達豐度低，測序無法準確定量，詳見 為什么circRNA芯片比RNA-seq更適合于circRNA的表達分析？, MeRIP-seq檢測具有m6A修飾的circRNA junction位點更難，更無法準確定量
樣本需求量少
目前MeRIP-seq技術需要≥120ug的總RNA起始量，所需樣本量多，限制了MeRIP-seq的適用性。相比于MeRIP-seq，Arraystar表觀轉錄組芯片只需1ug 總RNA的起始量，所需RNA的量大大減少（表 1），為珍貴樣本和來源有限的樣本研究RNA修飾提供了機會。
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表觀轉錄組芯片 |
MeRIP Seq |
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RNA起始量 |
≥1ug total RNA |
≥120ug total RNA |
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分離mRNA或去除rRNA |
不需要 |
需要 |
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RNA是否完整 |
不需要 |
需要 |
Human circRNA Epitranscriptomic microarray
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探針總數 |
13,617 |
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探針長度 |
60nt |
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探針位點 |
circular junctions |
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探針特異性 |
轉錄本特異性 |
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標記方法 |
RNase R 預處理線性RNA，隨機引物反轉，體外轉錄標記circRNA |
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circRNAs |
13,617 |
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circRNA來源 |
Updated Databases: circbase, CircNet, circRNADb [1-3] Literatures: [4-10] |
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芯片規格 |
8 × 15 K |
Mouse circRNA Epitranscriptomic microarray
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探針總數 |
14,236 |
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探針長度 |
60nt |
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探針位點 |
Circular junctions |
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探針特異性 |
轉錄本特異性 |
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標記方法 |
RNase R 預處理線性RNA，隨機引物反轉，體外轉錄標記circRNA |
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circRNAs |
14,236 |
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circRNA來源 |
Updated Databases: circbase, CircNet, circRNADb [1-3] Literatures: scientific publications [4-5] |
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芯片規格 |
8 × 15 K |
Rat circRNA Epitranscriptomic microarray
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探針總數 |
14,145 |
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探針長度 |
60nt |
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探針位點 |
Circular junctions |
|
探針特異性 |
轉錄本特異性 |
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標記方法 |
RNase R 預處理線性RNA，隨機引物反轉，體外轉錄標記circRNA |
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circRNAs |
14,145 |
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circRNA來源 |
Updated Databases: circbase, CircNet, circRNADb [1-3] Literatures: scientific publications [4-5] |
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芯片規格 |
8 × 15 K |
Arraystar circRNA表觀轉錄組芯片提供完整的服務，從樣本準備，MeRIP，cRNA標記，芯片實驗到注釋和數據分析。嚴格的質控步驟保證數據質量和有效性。
圖 4. Arraystar circRNA Epitranscriptomic 芯片實驗流程.
? 客戶提供樣本（具體見樣本指南）
? RNA質量檢測
? m6A/m5C-RIP
? RNase R 處理去除線性RNA（比如rRNA, lncRNA, mRNA等）
? cRNA合成和標記（cy5標記IP-RNA，cy3標記上清RNA）
? 芯片雜交，洗脫和掃描
? 數據采集，數據注釋，數據分析和總結
Arraystar在芯片表達檢測、數據分析和結果注釋方面有著專業而深入的知識與經驗。為客戶提供豐富而詳細的表觀轉錄組生物信息學數據分析結果。
差異m6A甲基化circRNA：
差異m6A甲基化circRNA聚類分析：
