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單細胞測序技術服務 單細胞全轉錄組測序 |
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NGS測序技術服務 DRIP-seq |
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基因芯片技術服務 Small RNA修飾芯片 m6A單堿基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表觀轉錄組芯片 circRNA表觀轉錄組芯片 |
NGS測序技術服務 RNA m6A甲基化測序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA堿基修飾檢測 tRNA堿基修飾檢測 |
PCR技術服務 MeRIP-PCR技術服務 m6A絕對定量RT-PCR技術服務 m6A單堿基位點PCR（MazF酶切法）技術服務 |
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基因芯片技術服務 DNA甲基化芯片 DNA羥甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS測序技術服務 DNA甲?；奏?5fc)修飾測序 DNA 5hmC 測序（化學法） DNA甲基化測序 DNA羥甲基化測序 染色質免疫共沉淀測序 |
PCR技術服務 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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蛋白相對定量 TMT標記定量技術 非標定量技術 |
蛋白修飾 TMT標記定量磷酸化 非標定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
產品列表
| 芯片 | 貨號 | 規格 | 描述 |
|---|---|---|---|
| NuRNA? Human Epitranscriptomics PCR Array | AS-NM-003-1 | 384 (4x96)-well plate | 同時檢測89個已知的或潛在的表觀轉錄修飾相關蛋白 |
| NuRNA? Human Epitranscriptomics PCR Array (Roche Light Cycler 480) | AS-NM-003-1-R | 384 (4x96)-well plate |
產品特點
? 覆蓋度廣—覆蓋了所有目前已知的表觀轉錄修飾相關蛋白
? 轉錄本水平檢測—檢測編碼Uniprot經典蛋白的轉錄本
? 嚴謹性強—所有引物都通過了多樣本嚴格驗證
? 快速簡易—即用型384孔板規格，只需將cDNA與qPCR Master Mix混合試劑加入PCR板中，4小時內得到實驗結果。cDNA無需預先擴增。
為保證NuRNA? Human Epitranscriptomics PCR芯片的實驗效果，建議配套使用Arraystar rtStar? First-Strand cDNA Synthesis Kit (AS-FS-001) 和 Arraystar SYBR? Green Real-time qPCR Master Mix
近年來，RNA修飾所介導的基因表達調控不斷取得突破性進展，直接導致了表觀轉錄組學（Epitranscriptomics）的誕生。研究發現，m6A、m5C、m1A、hm5C、甲尿嘧啶（ψ）與肌苷（I）等多種表觀轉錄修飾存在于mRNA上，影響mRNA的代謝與功能[1]，是一種重要的基因表達調控方式（圖1）。這些表觀轉錄組修飾由特定的酶添加（Writer）或去除（Eraser），可被特定的蛋白識別（Reader）。表觀轉錄修飾水平的異常，以及相關酶或蛋白的異常，與許多疾病的發生緊密關聯。
m6A是真核生物mRNA上含量最豐富的表觀轉錄修飾之一，參與調控mRNA的二級結構、剪切、成熟、細胞定位與翻譯等過程。m6A由甲基轉移酶復合物（包含METTL3，METTL14，WTAP，KIAA1429，RBM15，RBM15B）催化產生，可被去甲基化酶ALKBH5或FTO去除。目前已發現了多種特異性識別m6A位點的蛋白或復合物，包括YTH家族蛋白（YTHDF1-3，YTHDC1）、轉錄起始復合物eIF3、核糖核蛋白（HNRNPA2B1，HNRNPC）以及RNA結合蛋白SRSF2（表1）。m6A的動態調控在減數分裂與細胞多潛能分化等過程中發揮著重要作用[3]。與正常組織相比，腫瘤干細胞中的m6A修飾水平顯著升高。高水平的m6A增強了多個關鍵腫瘤基因的蛋白表達，從而促進腫瘤干細胞的增殖與腫瘤的發生發展，且常與不良預后有關。此外，METTL3[4]、FTO[2]及ALKBH5[5]等表觀轉錄相關蛋白因子在腫瘤的發生發展中也發揮著關鍵性作用。在病毒RNA上也檢測到了m6A修飾，其與病毒感染及復制有關。
顯而易見，表觀轉錄修飾與表觀轉錄修飾相關蛋白在基因表達調控中發揮著至關重要的作用。然而，目前對其研究才剛剛起步。為了幫助研究人員更方便快捷的進行表觀轉錄組學研究，Arraystar開發了檢測表觀轉錄修飾相關蛋白因子的PCR芯片。此款芯片可同時檢測89個已知的或潛在的表觀轉錄修飾相關蛋白，是表觀轉錄研究的強有力工具。
圖1.mRNA表觀轉錄修飾及其生物學功能。
| m6A | m5C | I | ψ | m1A | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Writers | KIAA1429, METTL3, METTL4, METTL14, RBM15, RBM15B, WTAP | NSUN2, TRDMT1 | ADAR, ADARB1, ADARB2 | DKC1, PUS1, PUS3, PUS7, TRUB1 | None identified | |
|
Erasers |
ALKBH5, FTO | TET1, TET2, TET3 | None identified | None identified | ALKBH1, ALKBH3 | |
| Readers | YTH Family, eIF3 complex, HNRNPA2B1, HNRNPC, SRSF2 | None identified | None identified | None identified | None identified |
表1. 已發現的人屬mRNA修飾酶（writer）、去修飾酶（Eraser）和修飾識別蛋白（Reader）。
參考文獻
1. Gilbert,
W.V., et al. (2016). Messenger RNA modifications: Form, distribution, and
function. Science 352, 1408-1412, PMID:27313037.
2. Iles, M.M., et al. (2013). A variant in FTO shows association with
melanoma risk not due to BMI. Nature genetics 45, 428-432, 432e421,
PMID:23455637.
3. Klungland, A., et al. (2016). Reversible RNA modifications in meiosis
and pluripotency. Nature methods 14, 18-22, PMID:28032624.
4. Lin, S., et al. (2016). The m(6)A Methyltransferase METTL3 Promotes
Translation in Human Cancer Cells. Molecular cell 62, 335-345, PMID:27117702.
5. Zhang, C., et al. (2016). Hypoxia induces the breast cancer stem cell phenotype
by HIF-dependent and ALKBH5-mediated m(6)A-demethylation of NANOG mRNA.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
113, E2047-2056, PMID:27001847.
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表觀轉錄修飾相關蛋白檢測列表 |
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m6A Writers: KIAA1429, METTL14, METTL3, METTL4, RBM15, RBM15B, WTAP Readers: DGCR8, EIF3A, EIF3B, ELAVL1, HNRNPA2, HNRNPB1, HNRNPC1, HNRNPC2, SRSF2, YTHDC1, YTHDC2, YTHDF1, YTHDF2, YTHDF3 Erasers: ALKBH5, FTO m1A Writers: HSD17B10, KIAA0391, TRMT10C, TRMT6, TRMT61A, TRMT61B Erasers: ALKBH1, ALKBH3 m5C Writers: DNMT1 , DNMT3A, DNMT3B, DNMT3L, NOP2, NSUN2, NSUN3, NSUN4, NSUN5, TRDMT1 Readers: MECP2, UHRF1 Erasers: TET1, TET2, TET3 hm5C Writers: TET1, TET2, TET3 Readers: CHTOP, EGR1, ERH, HMCES, MEP50, MGME1, NEIL1, PRMT1, PRMT5, SMUG1, TDG, THYN1, WDR76, WT1 Inosine Writers: ADAD1, ADAD2, ADAR, ADARB1, ADARB2, ADAT1, ADAT2, ADAT3 Pseudouridine Writers: DKC1, GAR1, NAF1, NHP2, NOP10, PUS1, PUS10, PUS3, PUS7, PUS7L, PUSL1, RPUSD1, RPUSD2, RPUSD3, RPUSD4, TRUB1, TRUB2 Other modifications (m7G) CMTR1, CMTR2, RNGTT, RNMT |
適用的PCR儀
ABI ViiA? 7
ABI 7500 & ABI 7500 FAST
ABI 7900HT
ABI QuantStudio? 6 Flex Real-Time PCR system
ABI QuantStudio? 7 Flex Real-Time PCR system
ABI QuantStudio? 12K Flex Real-Time PCR System
Bio-Rad CFX384
Bio-Rad iCycler & iQ Real-Time PCR Systems
Eppendorf Realplex
QIAGEN Rotor Gene Q 100
Roche Light Cycler 480
Stratagene Mx3000
Roche Light Cycler 480
Aksomics使用Arraystar的芯片為客戶提供服務，以下為相關資料:
產品說明書：
Manual_NuRNA?_Human_Epitranscriptomics_PCR_Array_v1.02
分析工具：
Analysis Tool for NuRNA? Human Epitranscriptomics PCR Array_v1.0
